Det nederländska segelfartyget Erasmus, med den engelske lotsen John Blackthorne, finner sjövägen till Japan år 1598. Efter att det svårt sargade fartyget flutit iland vid byn Anjiro arresteras besättningen, och Blackthorne förs till länsherren Toranaga. Efter att Blackthorne i förhör förklarat att den kristna världen är i konflikt, protestanter mot katoliker, ser Toranaga en möjlighet att dra nytta av Blackthorne och dennes kunskaper, samt inte minst hans fartyg Erasmus som kan rustas för krig. Toranaga befinner sig nämligen i en maktkamp med en annan länsherre, Ishido, om att få kejsarens gunst och utnämnas till shogun, det vill säga högste militäre befälhavare och i praktiken Japans envåldshärskare.

Blackthorne får ett nytt namn av japanerna, Anjin-San (vilket betyder "herr lots") och blir gradvis alltmer integrerad i det japanska samhället. Han lär sig tala enkel japanska och utnämns så småningom till samuraj med titeln hatamoto (samuraj i tjänst för Toranaga)[6] och får befäl över egna soldater.

Anjin-San dras successivt in i de politiska och militära intrigerna i 1600-talets Japan och blir därtill förälskad i Toranagas tolk, tillika sin lärare i japanska, Mariko.